Zona bazinului Amazonian a fost puternic afectata de defrisari care au condus la eroxiunea solului, cresterea cantitatii de aluviuni transportata de fluviu.De asemenea, pe fluviu s-au facut cateva amenajari hidroenergetice care au infuentat ecosistemul.Transporturile fluviale deranjeaza fauna , producand totodata poluare